A FITRef é uma escola autônoma. Ela não é governada por qualquer federação de igrejas ou por uma igreja local. Ela compreende que o ensino da Palavra e o treinamento de ministros da Palavra são da responsabilidade de presbíteros e ministros da Palavra ordenados pela Igreja. Entretanto, na situação atual de diversidade de igrejas menos e mais reformadas, bem como para cumprir o objetivo de estabelecer uma base e ter alcance internacional, parece ser o melhor caminho que a Faculdade não seja supervisionada por uma única denominação. Essa supervisão está indiretamente assegurada, uma vez que a Faculdade é governada e coordenada por ministros da Palavra e presbíteros atuantes de várias igrejas reformadas, em plena comunhão com a igreja local, e que possuem habilidades ou interesses na área da educação teológica. Esses irmãos são escolhidos pelo Board of Directors da FITRef.
A FITRef se coloca a serviço das igrejas de Cristo, ensinando os alunos a assumirem e exercitarem a sua vocação dentro de igrejas fiéis, a serem zelosos na preservação da unidade do corpo de Cristo e a empenharem-se na manutenção da disciplina fiel nas igrejas do Senhor. Os professores são membros fiéis das suas igrejas e se submetem à sua supervisão local. Os alunos são ensinados a se submeterem ao governo das suas igrejas. Através de núcleos de estudo organizados por igrejas, a FITRef busca a boa cooperação entre a Faculdade e as igrejas. Essas estão sempre sendo convidadas a enviarem sugestões e avaliações à FITRef, na procura de serem sempre tomadas as melhores decisões, de acordo com as prescrições das Escrituras.
Embora sem vínculo oficial com nenhuma igreja, a Faculdade expressa afinidade com as igrejas da ICRC-International Conference of Reformed Churches (Conferência Internacional de Igrejas Reformadas) e se posiciona como defensora da doutrina reformada promovida por estas igrejas.